Real Madrid y Su Retirada.

El 10 de julio de 2001 fue presentado como jugador del Madrid y se le entregó la camiseta con el número 5, «Es un honor venir a Madrid y creo que ha llegado el momento de jugar en España». La noticia acaparó la mayoría de las portadas de la prensa europea, que en general aprobaron el fichaje del club español. Se cifró la operación en 73.5 millones, convirtiéndolo en su tiempo en el fichaje más caro de la historia del fútbol. Aunque al principio le costó acomodarse en un equipo lleno de estrellas, culminó la temporada anotando gol con una impresionante volea que daba la victoria por 2-1 al Real Madrid ante el equipo alemán del Bayer Leverkusen en la final de la Liga de Campeones de 2001-2002, celebrada en Glasgow, y que fue considerado por la UEFA el mejor gol de las finales de la Liga de Campeones.

Con la camiseta blanca coincidió con talentos del fútbol mundial de la talla de Luís Figo, Ronaldo, Raúl González, Roberto Carlos, Fernando Hierro, David Beckham, Iker Casillas ó Michael Owen entre otros. Este elenco de jugadores, reunido bajo el mandato del presidente blanco Florentino Pérez será bautizado por la prensa como "Los Galácticos", lo que a su vez se convertirá en espada de doble filo para los intereses del vestuario madridista y que desembocará en la dimisión del mencionado presidente.
El 7 de mayo de 2006 jugó su último partido con el Real Madrid, jugado en el Santiago Bernabéu frente al Villarreal CF. El partido acabó empatado 3-3, en el que Zidane marcó el segundo gol para el Madrid. Todos los jugadores del Real Madrid jugaron con ZIDANE 2001/2006 escrito bajo el logo del club. Al final del partido se intercambió la camiseta con Juan Román Riquelme, del Villareal. Fue ovacionado por los aficionados al grito de merci. Lloró visiblemente en el campo, volviendo a salir a saludar a la grada tras la finalización del encuentro, siendo éste uno de los momentos más emocionantes de su carrera.
Zidane con el club blanco, anotó en liga y copa 50 goles y jugó unos 223 partidos. Consiguió una Liga Española y una Supercopa de España en 2003. Ademas logró una Liga de Campeones de la UEFA, una Copa Intercontinetal y una Supercopa de Europa en 2002. En cuanto a titulos individuales, obtuvo el FIFA World Player en 2003, fué el mejor jugador de la Copa Mundial, estuvo en el Once de Oro de 2001 y además fue el mejor jugador de la Champions League 2001-2002.